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(1) 印染废水大量回用会带来有机污染物和无机盐的积累。有机物的累积会使污水处理系统无法正常运行；回用率过高，且不进行脱盐处理，也会使得生产回用和污水处理无法进行。

(2) 深度处理费用较高，不太合适用水量较小的工厂，对于用水量大的工厂能带来比较明显的经济效益和环境效益。

(3) 随着纺织印染技术的发展，新型化学纤维、仿真丝和整理技术的采用，聚乙烯醇 PVA、染料、新型助剂等人工合成难生物降解有机物大量进入印染废水，使废水的可生化性进一步降低，降低了废水的生化处理效果，也影响到废水的回用水质的稳定。

(4) 缺乏二级出水中残存的染料、助剂等化学污染物质和处理过程中产生的中间物质的生物毒性的深入研究，以及缺乏回用水对暴露人群影响的安全评价。